キャッチコピー「ふたりが暮らした。」「この城が動く。」「生きる楽しさ。」「愛する歓び。」「ヒロインは、90歳の少女。」「恋人は、弱虫の魔法使い。」魔法と科学が同時に存在する世界で、隣国と戦争している王国のある町からお話が始まります。

キャッチコピー「ふたりが暮らした。」「この城が動く。」「生きる楽しさ。」「愛する歓び。」「ヒロインは、90歳の少女。」「恋人は、弱虫の魔法使い。」自分に自信が持てないヒロイン、ソフィーは小さな帽子屋を営むハッター家の長女としてお針子の仕事をしていました。しかし、ある祭りの日、妹のレティーの元へ向かう途中でよくない噂の魔法使い「ハウル」にばったり出会います。

ハウルは長年、荒地の魔女からつけ狙われていました。ハウルはソフィーと共に、時には祭りで雑踏の街中をかいくぐったり、時には空中をランデブーしたりと、荒地の魔女の差し向けた泥の使い魔から逃げ回ります。

キャッチコピー「ふたりが暮らした。」「この城が動く。」「生きる楽しさ。」「愛する歓び。」「ヒロインは、90歳の少女。」「恋人は、弱虫の魔法使い。」店に現われた荒地の魔女の呪いによって、ソフィーは90歳の老婆に変えられてしまいます。そして家を出たソフィーは荒野で不思議なカカシのカブに出会い、動くハウルの城へと案内されました。

「待たれよ」「ワシはイモが嫌いじゃ」はハウルの弟子、少年マルクルの名言です。マルクルは師匠のハウルに代わってGIF画像のように魔法でおじいさんの姿に変装して王国の伝令兵からの言伝をしたり、買い物に行ったりしています。

動く城の掃除婦兼家政婦となったソフィーは、実は甘ったれで臆病者のハウルに呆れながら、マルクルやハウルとの契約で城を動かしている火の悪魔、GIF画像のカルシファーやかかしのカブ達と家族のように時を過ごしていきます。

キャッチコピー「ふたりが暮らした。」「この城が動く。」「生きる楽しさ。」「愛する歓び。」「ヒロインは、90歳の少女。」「恋人は、弱虫の魔法使い。」ハウルの魔法使いとしての苦しみと人間の男性としての深さを知ったソフィーは、次第にハウルに惹かれるようになりました。しかし、戦火は確実にソフィー達の周囲に及んでいました。

サリマンの使い犬、ヒンと転落した谷底で、目の前に残されていた扉から過去へ赴いたソフィーが視たものは、星の降る夜の秘密の花園でカルシファーと出会う、幼いハウルの姿でした。ハウルに、「必ず会いに行くから未来で待っていて」と叫びながら現在に戻ったソフィー。彼女が目にしたものは、怪我や悪魔との契約による負荷に体を蝕まれ、もはや人間の姿を留めていない瀕死のハウルでした。

キャッチコピー「ふたりが暮らした。」「この城が動く。」「生きる楽しさ。」「愛する歓び。」「ヒロインは、90歳の少女。」「恋人は、弱虫の魔法使い。」ハウルの師匠、サリマンによる戦争への招聘を嫌がっていたハウルも「ようやく守らなければならないものが出来たんだ、君だ」とソフィーに言い残し、異形の姿で戦場へ飛び立っていったハウル。ソフィーは自分を守るために戦いで傷ついたハウルにそっとキスをするのでした。

戦火が激しくなり、安全だからとハウルによって城に隔離されたソフィーでしたが、ハウルを救おうとカルシファーを説得して城を動かし、逆に崩壊させてしまいました。

さらに、涙をこらえてソフィーはハウルの命を救う為、ハウルとカルシファーの契約を解きに掛かります。カルシファーはハウルに奪われた元の魔力と姿を取り戻し、ハウルは魔法使いとしての力を失ってしまいました。

ハウルは老化の呪いから解けたソフィーと結ばれました。しかし、髪の毛の色は元の茶色に戻っていない事から、もしかしたらソフィーはハウルに、今度は永遠の若さを保てる魔法をかけられているのかもしれません。