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科学特捜隊はその使命を終えて解隊され、科学特捜隊日本支部は、科学特捜隊と共に活躍したウルトラマンの存在を併せて語り継ぐ『光の巨人記念館』となっている。だが、記念館としての姿は、実は表向きに過ぎず、科学特捜隊日本支部はいまだ健在であり、地球に迫る新たな危機に対処するため、現在も極秘裏に活動を続けている。