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姉妹の案内で富士山麓へ調査に向かったハルオたちは、そこでナノメタルが2万年間増殖を続けて生じた「メカゴジラシティ」ともいうべき巨大施設を発見し、ゴジラとの戦いに光明を見出す。太陽系離脱に傾倒する中央委員会を他所に、ハルオたちは前回の対ゴジラ戦術にメカゴジラシティを組み込んだ新戦術を立案する。